Výzkum na Ústavu molekulární biologie rostlin je zaměřen na studium rostlinného genomu, rostlinných patogenů (virů, viroidů, bakterií a fytoplazem), a fotosyntézy. Aktuální seznam projektů ústavu najdete na Biologického centra.

• Výzkum onemocnění způsobených viry, fytoplazmami a bakteriemi, s důrazem na obtížně rozpoznatelné nemoci brukvovitých, luštěnin, drobného ovoce a ovocných stromů.
• Vývoj moderních molekulárních metod pro detekci rostlinných patogenů (real-time PCR, mikročipy,...)
• podrobnější popis

• Struktura a funkce fotosyntetických membránových pigmentů a jejich komplexů.
• Fyziologie, uhlíkový metabolizmus a výměna plynů v C3 a C4 rosltinnách.
• podrobnější popis

• Výzkum rostlinných nukleáz, jejich funkce a potenciální využití jako protinádorových látek v lékařství.
• Analýza evoluce a patogeneze viroidů.
• Funkční genomika chmele, analýza rostlinných transkripčních faktorů regulujících metabolizmus, a analýza mechanizmů genového "silencingu" při infekci rostlin viroidy.
• podrobnější popis

• Studium organizace rostlinného genomu na chromozomální, subchromozomální a molekulární úrovni.
• Strukturní a funkční analýza repetitivní DNA, a výzkum jejího vlivu na organizaci a evoluci genomu.
• Vývoj nových metod efektivního mapování rostlinného genomu.
• podrobnější popis