Ústav je vybaven přístroji a prostředky nezbytnými pro molekulárně-biologické studium rostlin, včetně klimatizovaných skleníků, klima-boxů a místností pro kultivaci tkáňových kultur. ÚMBR je oprávněn pracovat s geneticky modifikovanými organizmy a s původci karantenních chorob rostlin. Svým výzkumem významně přispívá do národního programu rostlinných biogechnologií, provádí odbornou diagnostiku karantenních rostlinných virů pro Ministerstvo zemědělství a Státní rostlinolékařskou správu, poskytuje analýzy geneticky modifikovaných plodin pro Ministerstvo životního prostředí, včetně odborné spolupráce při návrhu zákonů a předpisů týkajících se GMO.
Důležitou část aktivit ústavu tvoří i výuka molekulární biologie a rostlinné patologie, která je zajišťována v úzké spolupráci s Jihočeskou univerzitou v Českých Budějovicích. Ve spolupráci s přírodovědeckou a zemědělskou fakultou Jihočeské univerzity a Ústavem fyzikální biologie získal ÚMBR akreditaci pro doktorské (Ph.D.) programy v oborech molekulární biologie, genetika a fyziologie rostlin, fytopatologie a biofyzika. Na výuce se podílí přibližně polovina vědeckých pracovníků ústavu. Partnery vědeckých projektů ústavu jsou Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Karlova univerzita v Praze a Univerzita Palackého v Olomouci.